L'Institution de Lavigny est placée sous le contrôle de son Conseil de Fondation, qui s'appuie sur la direction de l'établissement pour mettre en oeuvre ses orientations.
Afin de favoriser l'implication de chacun pour transformer cette mission en actes concrets et au quotidien, l'organigramme de l'institution s'est structuré pour développer les compétences et privilégier les synergies. Cinq départements correspondent donc aux cinq domaines d'activités de l'Institution de Lavigny.

L'Institution de Lavigny, c'est avant tout une structure multi-disciplinaire et multisite qui réunit un ensemble de compétences indispensables à une prise en charge de qualité.
- Un dans le traitement des épilepsies et la réhabilitation des patients ayant subi une atteinte neurologique.
Contact : contact.hopital@ilavigny.ch - 021 821 45 53
- Un avec son école d'enseignement spécialisé, son internat scolaire et son encadrement thérapeutique.
Contact : contact.ecole@ilavigny.ch - 021 821 47 47
- Un proposant des postes de travail et des formations en milieu protégé.
Contact : contact.ateliers@ilavigny.ch - 021 821 46 57
- Un qui accompagne des personnes avec une déficience intellectuelle.
Contact: contact.hebergement@ilavigny.ch - 021 821 47 13
- Un offrant des lieux de vie à des personnes vivant avec une maladie neurologique dégénérative ou une lésion cérébrale.
Contact : contact.pleinsoleil@ilavigny.ch - 021 651 28 00
Un complète ces quatre départements afin de soutenir une approche globale et harmonieuse.
Contact : contact.sird@ilavigny.ch - 021 821 46 53
Plusieurs services rattachés à la direction générale de l'établissement complètent la structure en assurant à la fois son fonctionnement au quotidien et sa gestion à court et moyen terme tout en garantissant sa pérennité :
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Secrétariat de direction : contact@ilavigny.ch - 021 821 45 03
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Jean-Pierre Prahin : contact.rh@ilavigny.ch - 021 821 45 11
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Silvio Costantini : contact.intendance@ilavigny.ch - 021 821 45 25
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Hervé Bulland : contact.restauration@ilavigny.ch - 021 821 45 78
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Antonio Gallo : contact.administration@ilavigny.ch - 021 821 45 06
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Judit Rigoli : contact.finances@ilavigny.ch - 021 821 46 84
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Alexis Berger : contact.controlegestion@ilavigny.ch - 021 821 46 66
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Véronique Berney : contact.qualite@ilavigny.ch - 021 821 45 91 (à Lavigny) ou 021 651 28 07 (à Plein Soleil)
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Gabriel Contini : contact.informatique@ilavigny.ch - 021 821 45 00