L'Institution de Lavigny est répartie sur trois sites principaux :
- Le siège de l'Institution se situe dans le village de , sur la route du Vignoble, au nord de Morges. C'est dans ce village que la Fondation a vu le jour, il y a plus de cent ans. La propriété de l'Institution s'étend sur 80 hectares au coeur de La Côte et profite pleinement de cet espace pour disposer ses bâtiments dans un cadre agréablement verdoyant.
Aujourd'hui, le site abrite le département hospitalier et psychopédagogique de l'Institution, ainsi que des lieux de vie et des ateliers socioprofessionnels.
- L'Institution est également présente dans les hauts de , au Chemin de la Cigale, dans un quartier résidentiel paisible et verdoyant. Le site accueille environ huitante personnes vivant avec une maladie ou une lésion neurologique. Il comprend également une Unité d'Accueil temporaire, un Centre de jour Parkinson, ainsi que de nombreux ateliers et cabinets thérapeutiques.
- En ville de , une cinquantaine de résidents vivent dans des appartements collectifs, des studios et un bâtiment locatif sur quatre étages, la « Moësette ». Un centre de préformation s'y trouve également, ainsi que des ateliers protégés de type productif, et une classe décentralisée.
L'Institution est également présente à et à (ateliers protégés) ainsi qu'à (classe décentralisée) et (préformation).
La situation géographique privilégiée de l'ensemble des sites de l'Institution de Lavigny permet à chacun de rendre très facilement visite à un proche ou une connaissance.

Le site de Lavigny est desservi par les transports en commun, dont les horaires sont consultables ci-après :

(bus et navettes)